Der 1991 gegründete Verein hatte es sich zum Ziel gemacht, einen Stadtteiltreff in Schönwalde II zu betreiben. Am 03. April 1991 wurde das LABYRINTH in den Räumen der ehemaligen "Kinderkombination" Helene Kreft in der Maxim-Gorki-Straße 1 eröffnet. Gefördert wurde die Einrichtung durch das Kulturamt, das Jugendamt und das Arbeitsamt.

Ab 1992 wurde die Jugendarbeit im LABYRINTH als Modellprojekt "Begegnungszentrum Labyrinth: Offen für Europa - ein Projekt gegen die Gewalt" im Rahmen des Bundesprogrammes "Aktionsprogramm gegen Aggression und Gewalt" (AgAG) durch das Bundesministerium für Frauen und Jugend gefördert. Auch nach dem Ende des Bundesförderprogrammes wurden von der Hansestadt Greifswald die meisten AgAG-Projekte weitergeführt und durch Finanzmittel im Haushalt des Jugendamtes unterstützt. Aufgrund der langfristigen Förderung konnten feste Stellen eingerichtet und eine inhaltlich kontinuierliche Arbeit betrieben werden.

Seit 2008 fördert der ESF mit Kofinanzierung des Landkreises Vorpommern Greifswald 3 Personalstellen im Bereich Jugendsozialarbeit im LABYRINTH. Der ISSA e.V. ist als freier Träger der Jugendhilfe durch das Jugendamt der Universitäts- und Hansestadt Greifswald sowie vom Finanzamt als gemeinnützig anerkannt.